คิสซินเจอร์เกิดในปีค.ศ. 1923 ที่เมืองเฟือร์ท รัฐไบเอิร์น ประเทศเยอรมนี โดยมีชื่อแรกว่า ไฮนทซ์ อัลเฟรท คิสซิงเงอร์ ครอบครัวเขาเป็นชาวเยอรมันเชื้อสายยิว[7] นายลูอิส คิสซิงเงอร์ (Louis Kissinger) ผู้บิดาเป็นครูสอนหนังสือ ส่วนนางเพาลา ชแตร์น (Paula Stern) มารดาเป็นแม่บ้าน เขามีน้องชายหนึ่งคนนามว่าวัลเทอร์ คิสซิงเงอร์ (Walter Kissinger) สกุลคิสซิงเงอร์ถูกตั้งขึ้นในปีค.ศ. 1817 ตามชื่อเมืองบาทคิสซิงเงิน[8] โดยนายไมเออร์ เลิบ (Meyer Löb) บรรพบรุษของตระกูล ในปีค.ศ. 1938 ขณะที่เขามีอายุ 15 ปี เขาและครอบครัวอพยพหนีออกจากประเทศเยอรมนีจากผลของนโยบายต่อต้านชาวยิว